Nama Gua Yunus diambil sempena nama orang yang pertama menjumpai dan menjadikan gua ini sebagai tempat pertapaan. Sehingga sekarang gua ini masih lagi digunakan orang sebagai salah satu tempat untuk bertapa. Untuk masuk ke dalam gua ini, ahli pertapaan terpaksa menyelam ke dalam air kerana kedudukan pintu gua ini sebenarnya terletak di dalam air. Dipercayai batu dinding gua ini semuanya berwarna putih.
